En Moto2 la sorpresa la daba Alex Márquez que se situaba primero desde mitad del entrenamiento. A falta de cuatro minutos y tras un accidente en la curva nueve de Thomas Luthi que salía en camilla del circuito, la bandera roja suspendía de forma momentánea el entrenamiento. Zarco marchaba tercero y Rins en la posición once.
Una vez reanudada la clasificación y ante la falta de tiempo, los pilotos se emplearon a fondo desde el principio. Zarco se hacía con la primera posición, relegando a Alex Márquez a la segunda posición. Lowes en una gran vuelta se ponía primero pero al francés no dio tregua y Zarco volvía a recuperar la posición consiguiendo marcar un nuevo récord de la pole. Rins se clasificó en séptima posición.
Clasificación Moto2 GP República Checa :
1. Zarco
2. Lowes
3. Márquez
4. Nakagami
5. Luthi
6. Morbidelli
7. Rins
8. Kent
16. A Pons
19. Simón
23. E Pons
24. Vierge
27. Viñales
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