Finalmente, Dirección de carrera decidió que el GP Argentina 2016 de disputase a 20 vueltas con un cambio obligatorio de moto a partir de la vuelta 9 para cambiar de neumático y evitar posibles problemas con el neumático Michelin trasero que se reventó el sábado y que había obligado a replantear la estrategia de carrera.
En la salida, Márquez perdió la pole con Lorenzo pero fue Dovizioso quien se puso en cabeza tras las primeras curvas mientras Lorenzo perdió varias posiciones. Iannone cerró a Pedrosa que también se quedó encerrado en el grupo.
Poco después, Márquez adelantó a Rossi y Dovizioso y el de Yamaha también pasó a la Ducati. Por detrás, Viñales se acercó al grupo de cabeza.
Jorge Lorenzo se cayó en la quinta vuelta
En la vuelta 5 Jorge Lorenzo perdió la adherencia de la rueda trasera, se cayó y tuvo que abandonar la carrera.
Márquez y Rossi se quedaron solos en cabeza mientras las Ducati peleaban con por el podio con Viñales que se puso tercero en la vuelta 9.
Justo en ese momento Rossi pasó a Márquez aunque tuvo que alargar la trazada en la frenada y el español recuperó la primera posición.
Márquez y Rossi entraron juntos en la vuelta 10 a cambiar de moto
Rossi y Márquez entraron a cambiar la moto en la vuelta 10 y volvieron juntos a pista aunque Tito Rabat se intervalo entre ellos y la diferencia entre los dos hombres de cabeza subió hasta más de 2,7 segundos.
Marc Marquez puso un ritmo que Rossi no pudo seguir y se escapó mientras que Maverick y las Ducati dieron caza a Rossi a falta de cinco vueltas.
Maverick lanzó su primer ataque a falta de cuatro vueltas, pero Valentino aguantó la segunda posición. En la siguiente vuelta Viñales se cayó en la primera curva.
En la siguiente vuelta fue Iannone el que atacó a Rossi momento que aprovechó Dovizioso para adelantar a los dos pilotos y ponerse segundo. Rossi intentó adelantar a Iannone en la última vuelta y no pudo haberlo pero los dos pilotos de Ducati se cayeron en la última curva y dejaron la segunda plaza libre a Rossi. Dani Pedrosa acabó tercero.
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